辐射避难所发生辐射后，首先要确保所有居民都配备了消辐宁。消辐宁是专门用于消除辐射的药品，当居民被辐射后，血量会出现红条状的空血状态，这时候必须及时使用消辐宁进行治疗。如果没有消辐宁，居民的健康值会持续下降，最终可能导致死亡。死亡居民可以用瓶盖复活，但等级越高复活费用越昂贵，所以尽量避免居民死亡是最佳选择。记得在避难所中多建造医院或科学实验室，增加消辐宁的库存量，确保随时可以取用。
当辐射灾害发生时，要立即隔离受影响的区域。辐射通常由地下蟑螂或其他受辐射生物引发，它们会通过地道进入避难所并传播辐射。将受辐射居民转移到安全区域，并派遣未受影响的居民前往处理辐射源。处理辐射源时，确保所有参与人员都装备了4攻以上的武器，并且每个房间都安排满工作人员。如果房间无人，辐射灾害会蔓延到其他区域，造成更大范围的伤害。孕妇和小孩无法参与救灾，记得提前将他们转移到安全区域。
长期管理方面，建议定期检查避难所的地道和房间结构，防止受辐射生物侵入。改进储存和种植方式，减少辐射发生的可能性。在避难所周围设置监测点，一旦发现辐射迹象立即采取措施。对居民进行健康检查，防止辐射疾病传播。加强居民的健康教育，提高他们对辐射防范的意识。如果资源允许，可以派遣探险队到地表寻找更多消辐宁或其他抗辐射物资。
提升居民幸福感也是应对辐射的重要环节。辐射灾害后，居民心情指数会大幅下降，这时候需要通过改善居住环境、丰富文化生活和加强社区凝聚力来恢复。建造娱乐设施如酒吧或游戏室，定期举办活动，帮助居民尽快恢复正常生活。高幸福度的居民工作效率更高，能更快恢复避难所的运转。一个快乐的避难所才是最能抵抗灾害的避难所。
