二周目开始时最重要的准备是确保图鉴收集数量达到60种这是触发后续剧情的关键条件。如果未达标需优先补抓精灵，可通过常磐森林、月见山等早期地图高效补充图鉴。完成该条件后大木博士会自动出现并升级全国图鉴，枯叶市的码头将开放前往七岛的航线。建议在出发前将主力队伍等级提升至50级并携带足够的高级伤药、万能恢复等道具以应对岛屿上高强度的训练师对战。
前往一之岛后需立即与精灵中心的NPC对话获取红宝石任务线索。灯火山区域会出现37级左右的野生训练师，可作为初期练级对象。山洞内需注意火焰鸟的收服机会，建议提前准备高级球或催眠类技能。获取红宝石过程中会遭遇火箭队残党，其使用的双弹瓦斯与叉字蝠具有中毒和混乱技能，队伍中需配置解毒剂与解眠药。完成该任务后获得的彩虹通行证是开启后续岛屿探索的核心道具。
四之岛和五之岛存在特殊的精灵培养机制，建议利用此阶段完善队伍属性搭配。波克比蛋的获取要求首位精灵亲密度达标且留有空位，可通过长时间携带行走提升亲密度。岛屿间的冲浪路线隐藏着珍珠贝等稀有水系精灵，使用探测器可发现隐藏道具。火箭队仓库密码需要从六之岛洞穴事件中获取，迷宫式地形建议按上、左、右、下顺序探索，最终遭遇的火箭队干部会使用等级65左右的王牌精灵。
华蓝洞窟作为二周目最终挑战区域，内部超梦等级高达70且具备极强特攻能力。建议队伍中包含恶系或虫系克制技能，并携带气息腰带等保命道具。洞窟地形存在碎石机关，正确路线需保持直线前进避免岔路。完成七岛环游后，关都地区部分道馆馆主会更新阵容，可重复挑战获取高级技能机器。整个二周目流程中随时存档尤为重要，特别是在遭遇神兽和迷宫关键节点前。
