在口袋妖怪火红中击败四大天王并成为冠军只是冒险的开始，游戏为玩家准备了丰富的后续内容。通关后首要任务是升级图鉴至386版，这需要收集超过60种不同的精灵。完成这一目标后前往大木博士研究所，博士会将图鉴升级为全国图鉴版本，解锁更多精灵信息。这一过程不仅考验玩家的收集能力，也为后续探索奠定基础。
获得船票后可以前往各个岛屿，每个岛屿都有独特的任务和挑战。一之岛的灯火山可以捕捉火焰鸟，而其他岛屿则分布着火箭队残党任务和特殊道具。在二之岛和三之岛需要解决火箭队引发的各种事件，包括寻找失踪的女孩和恢复电力系统。这些任务环环相扣，需要玩家仔细探索每个场景。
除了火焰鸟外，玩家还可以在冠军之路捕捉急冻鸟，在华蓝洞窟捕捉超梦。这些神兽等级较高且拥有强大技能，需要做好充分准备。部分神兽如闪电鸟和三圣兽需要特定条件才会出现，这增加了捕捉的挑战性。合理搭配队伍和携带足够的高级球是成功的关键。
战斗边疆和训练师重战提供了持续的挑战机会。通过战斗探测器可以反复挑战之前的训练师，他们的精灵等级会显著提升。一号岛灯火山附近的训练师等级都在37级以上，是快速获取经验的好去处。游戏中的各种隐藏道具和技能机器也需要玩家回头探索先前无法到达的区域。
火箭队仓库任务和宝石争夺是重要的支线剧情。在完成七之岛主线后，玩家需要在火箭队仓库与残党进行多场战斗，最终夺回被抢走的蓝宝石。这些战斗难度较高，对手会使用强力精灵。成功完成任务后不仅能推进剧情，还能获得珍贵道具和技能机器。
精灵培养和队伍优化是贯穿游戏始终的内容。通关后玩家可以更专注于精灵的个体值和努力值培养，尝试不同的技能组合。通过饲育屋培养高个体值的精灵，或寻找特定性格的精灵来优化队伍。这个过程需要耐心和时间投入，但能显著提升战斗实力。
